Als begin jaren ’80 blijkt dat de positie van Molukkers op de arbeidsmarkt zorgelijk is, laat de overheid de knelpunten in het onderwijs aan Molukkers inventariseren. Daar komt uit dat een centraal steunpunt gewenst is. Dat gebeurt in 1987: het Landelijk Steunpunt Educatie Molukkers wordt geboren. Het in Assen sinds 1986 bestaande Samenwerkingsverband Bicultureel Onderwijs (SBO) werkt nauw samen met het LSEM; in 1998 fuseren zij. Samenwerking en afstemming van werkzaamheden vinden eveneens plaats met IWM, CPS en SLO en regionale organisaties op het gebied van onderwijs en werkgelegenheid. Vanzelfsprekend is de samenwerking met het Moluks Historisch Museum dat in hetzelfde pand gevestigd is.
Het LSEM krijgt als taak dat het op het gebied van onderwijs en educatie een bijdrage levert aan de emancipatie van Molukkers en daarbij de aandacht richt op drie hoofdaspecten: identiteitsontwikkeling als groep en als individu; verbetering van kansen in school en maatschappij; acceptatie in de Nederlandse (school-)samenleving. In het kader van Onderwijs in Eigen Taal en Cultuur (OETC) ligt in de beginfase van het LSEM het accent op het geschikt maken van het Moluks Maleis voor gebruik op school. Er worden een leerplan, grammatica, woordenlijsten en een docentencursus voor leraren OETC ontwikkeld. Als blijkt dat taalachterstand bij Molukse jongeren niet herkend wordt bij deskundigen die in die tijd (1989-1997) scholen ondersteunen bij aanpak van tweedetaalproblemen, richt het LSEM zich tevens op NT2, Nederlands als Tweede Taal. Belemmeringen blijken er niet alleen te zijn in de Nederlandse schoolomgeving, maar ook in de Molukse gemeenschap zelf. Het LSEM ziet het daarom als zijn opdracht om zowel de school dichter naar de Molukse leerlingen toe te brengen, als om de Molukse leerlingen en hun ouders beter op de eisen van de school en de Nederlandse samenleving voor te bereiden.
Om het lezen te bevorderen initieert het LSEM het project ‘Mari! Op naar de bieb!’ (1998/1999) waarbij bibliotheken in gemeenten met een Molukse gemeenschap hun collectie uitbreiden met Molukse boeken. Uitgaven van het LSEM en relevante publicaties van derden kan men aanschaffen bij de Toko Buku Maluku, de boekwinkel van het LSEM, die ook met een kraam naar allerlei bijeenkomsten in het land toegaat. Elk jaar op de Molukse Onderwijsdagen die het LSEM sinds 1988 organiseert, worden de nieuwe producten gepresenteerd.
Naast materialen t.b.v. het Moluks Maleis, NT2 en volwasseneneducatie zal het LSEM in de loop van zijn bestaan een stroom aan publicaties, lespakketten en educatieve spellen voortbrengen voor verschillende doelgroepen op het gebied van orale cultuur, (jeugd)literatuur, muziek, geschiedenis en natuur- en milieueducatie. Het richt zich ook op pedagogisch-didactisch terrein, lees- en schrijfvaardigheid, deskundigheidsbevordering, voorschoolse opvang, opvoedingsondersteuning, mentoring en empowerment.
In de jaren ‘90 veranderen het overheidsbeleid en de schoolomgeving: het rijk zet in op veralgemenisering, decentralisatie en privatisering van het minderhedenbeleid. Bijzondere voorzieningen voor Molukkers worden afgebouwd of ondergebracht in grotere verbanden. De bovenschoolse ondersteuningsstructuur waar het LSEM als landelijke instelling jarenlang gebruik van maakte, en de OETC-leerkrachten verdwijnen. In de jaren 2000 verplaatst de politieke aandacht zich van onderwijsachterstanden weer naar de sociale en normatieve integratie van migranten. Anders dan in de jaren ’80 staat nu niet het idee van interculturalisatie van de (school)samenleving centraal, maar van ‘gedeeld burgerschap’. Ook wijst het beleid collectieve emancipatie van onderscheiden doelgroepen af en richt het zich uitsluitend op individuele emancipatie. De politiek voelt niets voor de inhaalslag die het LSEM wil maken met het ‘Onderwijsplan Molukkers’. Men wil geen apart Molukkersbeleid meer.
Met het ‘Onderwijsplan Molukkers’ reageert het LSEM op de decentralisatie van het onderwijsbeleid voor minderheden door meer aandacht te geven aan het vormen van lokale netwerken, en op een onderzoek van Justus Veenman. In 2001, tijdens de eerste grote herdenking van de aankomst van Molukkers in Nederland, presenteert Veenman zijn rapport Molukse jongeren in Nederland. Integratie met de rem erop. Hieruit blijkt dat de verwachte stijgende lijn in de onderwijssituatie van een derde generatie voor de Molukse groep niet opgaat. De integratie stagneert. Molukse jongeren hebben een laag ambitieniveau, zijn minder zelfredzaam, hebben problemen met de Nederlandse taal op het niveau van school- en vaktaal, zijn oververtegenwoordigd in het vmbo en vallen vaker uit in het Voortgezet onderwijs. Mogelijk waren verbeteringen bij de tweede generatie een gevolg van de extra aandacht die er in hun tijd was.
Veel scholen zien de problemen niet en zelfs binnen de Molukse gemeenschap wordt de representativiteit van het onderzoek van Veenman door sommige jongeren die wel geslaagd zijn, in twijfel getrokken.
De regionale onderzoeken die het LSEM in de periode 2002-2005 laat uitvoeren, bevestigen echter het beeld van Veenmans rapport en tonen dat veel scholen geen zicht meer hebben op hun Molukse leerlingen als groep.
Het LSEM gaat zich richten op vijf speerpunten: Voor- en vroegschoolse educatie, Taalbeleid, Empowerment, Opvoedingsondersteuning, Voorkomen en bestrijden van drop-outproblematiek. Een voorbeeld is de jongerenwebsite Bukamulu.nl die bedoeld is om Molukse jongeren in de leeftijd van 12 tot 25 jaar te ondersteunen bij hun schoolloopbaan. De site wordt beheerd door een redactie van jongeren en blijft tot 2012 actief.
In 2005 presenteert het LSEM Oog voor Molukse leerlingen. Pleidooi voor verbetering van de onderwijspositie van Molukkers. Aanleiding zijn wederom ontwikkelingen in het onderwijsbeleid die ook gevolgen hebben voor Molukse kinderen. Voor de bestrijding van onderwijsachterstanden bij Molukse leerlingen zijn er veel minder extra middelen uit weging en middelen voor culturele minderheden beschikbaar. Bovendien wordt de bestrijding van achterstanden meer dan voorheen een verantwoordelijkheid van de scholen met een soberder rol voor de landelijke en gemeentelijke overheid. Echter, scholen hebben hun Molukse leerlingen slecht in beeld, schatten hun onderwijspositie rooskleuriger in en beschikken over te weinig deskundigheid en betrokkenheid om verbetering aan te brengen. De toegenomen spreiding van Molukse leerlingen, de individualisering en het ontbreken van voldoende kader in de Molukse gemeenschap werken ook ongunstig.
Voortaan staat bij het LSEM niet meer de vorming van lokale netwerken – zoals in het ‘Onderwijsplan Molukkers’ – maar de ondersteuning van alle lokale of regionale initiatieven ter verbetering van de onderwijspositie van Molukkers voorop. De speerpunten worden uitgebreid: Voor- en vroegschoolse educatie, Taalbeleid, Geletterdheid, Leerlingbegeleiding, Empowerment, Ouderbetrokkenheid, Ontwikkelingseducatie, Geschiedenis.
