De uitroeping van de RMS heeft grote gevolgen voor de Molukse militairen en hun gezinnen die op dat moment in tangsi’s (kazernes) verspreid over heel Indonesië wonen. Omdat het KNIL op 26 juli 1950 zal worden opgeheven, hebben zij de keus gekregen tussen demobiliseren (burger worden) of overstappen naar het Indonesische leger. Sommigen hebben dat al gedaan, anderen weten niet meer wat ze moeten doen. De meeste Molukse KNIL-militairen scharen zich achter de RMS. Van de Indonesische regering mogen ze niet terug naar de Molukken zolang er gevochten wordt tussen het Indonesische leger en de RMS. Na een aantal maanden wordt de RMS veroverd. Voor hun veiligheid zijn de Molukse militairen en hun gezinnen dan al samengebracht op Java. Een afvaardiging van de militairen, de delegatie Aponno, gaat naar Nederland om te onderhandelen over hun toekomst. Zij winnen een rechtszaak tegen de Nederlandse Staat: Nederland mag hen niet tegen hun wil op Indonesisch – vijandig – grondgebied demobiliseren. Hun voorstel om naar Nieuw-Guinea, dan nog Nederlands gebied, te worden overgebracht, is voor Indonesië en Nederland onaanvaardbaar. Er wordt geen oplossing gevonden waar alle drie de partijen zich in kunnen vinden. Uiteindelijk besluit de Nederlandse regering de groep tijdelijk naar Nederland over te brengen. ‘Op dienstbevel’, zeggen de Molukse militairen. ‘Op basis van een vrijwillige keuze’, zegt de Nederlandse regering.
Op 21 maart 1951 komt de Kota Inten met het eerste transport aan in de haven van Rotterdam. In de maanden erna volgen nog 11 transporten, zowel in Rotterdam als in Amsterdam. Het gaat om ex-KNIL-militairen, schepelingen van de Koninklijke Marine, politiemannen en burgers met hun gezinsleden. In totaal zo’n 12.900 zielen. Iedereen verwacht dat de Molukkers spoedig zullen terugkeren. Het verblijf zal tijdelijk zijn.
Bij aankomst wacht de ex-KNIL-militairen een onaangename verrassing: ze worden ontslagen uit militaire dienst. De Molukkers weten niet dat Indonesië bedongen had dat zij niet meer operationeel ingezet zouden worden. Protesten en een rechtszaak tegen de Staat lijken aanvankelijk in hun voordeel uit te vallen, maar blijven uiteindelijk zonder resultaat. Het ontslag blijft gehandhaafd. Het gevoel verraden te zijn terwijl ze altijd trouw waren aan Nederland, zal de verhouding tussen de Molukkers en de Nederlandse overheid voor de komende decennia bepalen. De Marine-Molukkers blijven wel in dienst van de Koninklijke Marine; hun integratie in Nederland zal anders verlopen.
Na aankomst gaan de Molukkers, behalve patiënten en zwangere vrouwen, eerst per bus naar Kamp Amersfoort voor een medische keuring. Daarna worden ze over het hele land verspreid en gehuisvest in o.a. werkkampen, kloosters en voormalige Duitse gevangenkampen zoals Westerbork (Schattenberg) en Vught (Lunetten). In deze ‘Ambonese woonoorden’ leven ze op afstand van de Nederlandse samenleving in afwachting van terugkeer. Vanaf eind 1952 wordt het Commissariaat Ambonezenzorg (CAZ) het ‘gezicht’ van de Nederlandse regering. Het CAZ regelt alles, van het eten tot aan de schoolkeuze.
Grotere woonoorden lijken dorpjes op zich: met een kerk, schooltje, kraamkliniek en winkel. En een uitgebreid verenigingsleven. De woonoordbewoners zoeken steun bij elkaar en richten allerlei eigen organisaties op.
De Marinegezinnen worden opgevangen in Marine-opvangkampen of pensions samen met niet-Molukse gezinnen uit o.a. Indonesië en de Nederlandse Antillen. Vanaf 1953 verhuizen zij naar reguliere woningen in plaatsen met vestigingen van de Marine zoals Den Helder, Loosdrecht, Amsterdam en Vlissingen.
Voor veel Nederlanders zijn de Molukkers de eerste grote groep van elders met wie ze in contact komen. De verhouding met de Nederlandse overheid wordt al snel gekenmerkt door wantrouwen, misverstanden en conflicten. Woede over het ontslag uit militaire dienst en het uitblijven van steun voor de RMS spelen daarbij een grote rol.
Ondanks de roep om eenheid breken er conflicten uit die soms langs scheidslijnen van religie, herkomst en politieke overtuiging lopen. Een belangrijke breuk is die uit 1951 tussen de mensen uit de Midden-Molukken (de ‘Ambonezen’) en die uit de zuidelijke Molukken (de ‘Keiezen’). Deze breuk leidt tot een scheiding van beide gemeenschappen die decennia zal duren.
Na een aantal jaren vindt de regering dat de Molukkers zelf meer moeten bijdragen aan de kosten van hun verblijf. Veel van hen zijn inmiddels toch gaan werken, vaak in een fabriek. In 1956 wordt de zelfzorgregeling ingevoerd. Dit betekent dat de mensen in principe zelf in hun eigen levensonderhoud moeten voorzien. Pas als dat niet lukt, krijgen ze steun van de overheid. Eén van de symbolen van de Zelfzorg is de eigen keuken die in de plaats komt van de centrale keuken. Door de Molukse gemeenschap wordt fel tegen de zelfzorgregeling geprotesteerd. Men vindt dat de overheid verantwoordelijk is voor hun komst en de verzorging die daaruit voortvloeit.
Eind jaren ‘50 besluit de regering dat het beter is als de Molukkers meer gaan integreren in de Nederlandse samenleving. Men gaat niet langer uit van een snelle terugkeer. Maar de Molukkers willen bij elkaar blijven; daarom wordt besloten tot groepsgewijze integratie. Er worden nieuwe woonwijken voor Molukkers gebouwd in middelgrote dorpen en steden. In Appingedam komt in 1960 de eerste Molukse wijk gereed. Er zullen in de jaren daarna nog meer dan zestig woonwijken volgen. Het opheffen van de woonoorden gaat niet altijd zonder slag of stoot en duurt veel langer dan voorzien.
Op de Molukken wordt tot in de jaren '60 nog steeds strijd gevoerd door RMS-guerillastrijders onder aanvoering van president mr.dr. Chr.R.S. Soumokil. In 1963 wordt deze gevangengenomen door het Indonesische leger. Na zijn executie in 1966 richt ir. J.A. Manusama in Nederland een regering in ballingschap op en volgt Soumokil op als president. De executie van Soumokil in 1966 leidt tot de eerste gewelddadige actie van Molukse jongeren in Nederland in de vorm van brandstichting bij de Indonesische ambassade in Den Haag. In de strijd voor een vrije RMS volgen in de jaren daarop meer acties. De bekendste zijn de bezetting van de woning van de Indonesische ambassadeur in Wassenaar in 1970 en de treinkapingen bij Wijster in 1975 en De Punt in 1977. Deze acties laten diepe littekens achter in de Nederlandse èn de Molukse samenleving.
